Mendengar Kota Kaliwungu merupakan Kota santri, banyak yang beranggapan bahwa Kaliwungu memiliki satu agama yaitu agama Islam. Walaupun sebagian besar Kaliwungu banyak masyarakat beragama Islam. Akan tetapi, sebagian kecil masyarakatnya ada juga yang beragama Katolik, Protestan, Konghuchu dan juga Hindhu. Awal agama yang ada di Kota Kaliwungu memanglah agama Islam dan berkembang sangat pesat. Dikarena Kaliwungu merupakan tempat yang didatangi warga baru (bukan penduduk asli Kaliwungu) maka, akhirnya Kaliwungu mempunyai berbagai macam agama. Karena Kaliwungu juga mempunyai semboyan Bhinnneka Tunggal Ika serta moderasi beragama yang tinggi, berjalannya waktu tempat beribadahan di Kaliwungu tidak hanya Masjid, Gereja dan Pura pun ikut berdiri di Kota Kaliwungu.
Agama Islam di Kaliwungu, masyarakat kaliwungu bisa dikatakan masyarakat umat Islam yang begitu pesat dan padat, jadi tidak hanya satu tempat beribadah untuk umat Islam (Masjid) yang ada di Kota Kaliwungu, bahkan ada beberapa Masjid yang ikut berdiri. Untuk Masjid besarnya sendiri terletak di Jalan Kyai H. Asyari, Kauman, Krajan Kulon, Kecamatan Kaliwungu, Masjid Besar Al-Muttaqin merupakan Masjid tertua dan pertama kali berdirinya di Kota Kaliwungu. Sedangkan Masjid lainnya berada di Desa Mororejo, Desa Semberjo, Desa Plantaran dan di desa-desa tertentu masih banyak Masjid Kaliwungu. Selain Masjid, umat Islam di Kaliwungupun mendirikan Mushollah-mushollah, disetiap perkampungan di Kota Kaliwungu pasti akan menjumpai yang namanya Mushollah.
Agama Katolik dan Protestan, walaupun bukan merupakan agama terbesar serta prosentase dengan agama Islam di Kota Kaliwungu sangatlah beda jauh. Akan tetapi, agama Katolik dan Protestan merupakan agama terbesar kedua di Kota tersebut. Ada dua tempat beribadahan (Gereja), satu Gereja Santa Maria Diangkat Disurga yang terletak di Gladaksari, Krajan Kulon, Kecamatan Kaliwungu yang digunakan untuk tempat beribahan umat Katolik. Dan yang satunya adalah Gereja Kristen Jawa tepatnya terletak di Langgengsari RT 03 / RW 04 Plantaran Kecamatan Kaliwungu dan itu merupakan tempat beribadahan untuk umat Protestan.
Agama Hindu dan Konghuchu, tidak banyak dan sangat sedikit sekali masyarakat Kaliwungu beragama Hindu ataupun Konghuchu. Akan tetapi, ada satu tempat beribadahan untuk agama Hindu yaitu Pura Eka Darma Jati terletak di Jalan Saking Sumberjo Kecamatan Kaliwungu. Walaupaun di Kaliwungu tidak ada bangunan Kelenteng untuk tempat beribadah, Kaliwungu tetap mempunyai masyarakat yanag beragama Konghuchu.
Berbagi macam agama yang ada di Kota Kaliwungu, tidak menjadikan masyarakatnya berpecah belah. Pinandita Pura Eka Dharma Jati Kusnadi mengungkapkan selama 45 tahun tinggal di daerah tersebut tidak pernah sekalipun ada gesekan atau konflik dengan umat agama lain. Ungkapannya tersebut mengartikan bahwa di Kota Kaliwungu memberikan kenyaman untuk semua umat beragama karena.
Toleransi itu dasarnya bukan semua agama sama. Tapi pemeluk setiap agama menghormati pemeluk agama lain yang meyakini kebenaran agamanya masing-masing-Mahfud MD-
Marisa Ulfah
Ilmu Falak – Syari’ah dan Hukum
